1. เชื้อราที่ทำให้ไม้ผุ (Decay Fungi)
เป็นเชื้อราที่เมื่อเข้าทำลายไม้แล้วจะทำให้เนื้อไม้ผุ ยุ่ย แบ่งตามลักษณะที่ปรากฎบนไม้ภายหลังถูกทำลาย คือ 
  - ราผุสีน้ำตาล (Brown Rot) อาหารของเชื้อราจำพวกนี้คือ cellulose ซึ่งสะสมอยู่ตามผนังเซลล์ของไม้ เมื่อเชื้อราชนิดนี้เข้าทำลายไม้แล้วเนื้อไม้จะเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาล เนื้อไม้ยุบตัวลงและหักง่ายในทางขนานเสี้ยน
  - ราผุสีขาว (White Rot) ราจำพวกนี้จะย่อยสลายสารประกอบของเซลล์ในไม้ได้ทั้ง lignin และ cellulose ดังนั้นการทำลายในขั้นสุดท้ายพบว่าน้ำหนักของไม้อาจลดลงถึง 90 % และมีคุณสมบัติฟอกสีจะเห็นได้จากไม้ที่ถูกทำลายแล้วมีสีขาวซีด เนื้อไม้จะยุ่ยเป็นเส้นใย มองเห็นเป็นหย่อม ๆ หรือลายเส้นสีขาวสลับกันเนื้อไม้ที่ยังดีอยู่
  - ราผุอ่อน (Soft Rot) พบเกิดกับไม้ที่อยู่ในที่ชื้นมาก ๆ หรือเปียกน้ำติดต่อกันเป็นเวลานาน ๆ เชื้อราจะทำลายรุนแรงบริเวณผิวนอกของไม้ มีการแตกขวางเสี้ยนคล้ายกับราผุสีน้ำตาลแต่มีขนาดเล็กกว่า บางครั้งอาจพบว่าเข้าทำลายลึกถึงเนื้อไม้ ส่วนที่ถูกทำลายจะอ่อนนุ่ม ส่วนที่ไม่ถูกทำลายจะแข็ง และขอบเขตของการทำลายเห็นได้ชัดเจน ถ้านำไม้ไปทำให้เปียก ส่วนที่ถูกทำลายจะเปื่อยยุ่ย สามารถใช้เล็บขูดออกได้ง่าย

2. เชื้อราที่ทำให้ไม้เสียสี (Stain Fungi)
เชื้อราประเภทนี้ไม่ทำให้ไม้ผุ แต่ทำให้ไม้มีสีผิดปกติไปจากเดิม ส่วนใหญ่เป็นสีที่ไม่พึงปรารถนา เช่น น้ำเงิน เหลือง เขียว ดำ เป็นบริเวณกว้างหรือเป็นจุดกระจาย ซึ่งการเปลี่ยนสีของไม้เกิดขึ้นเพราะเม็ดสี (pigment) ภายใน hyphae ของเชื้อรา เชื้อราเหล่านี้จะเข้าทำลายไม้หลังตัดฟันโดยสปอร์ปลิวมาตกบนไม้แล้วจึงเจริญเข้าไปในเนื้อไม้ ถ้าความชื้นในบรรยากาศสูง ความชื้นที่หน้าไม้ยังไม่แห้งหรือชื้นอยู่ตลอดเวลา เชื้อราจะสร้างสปอร์และเส้นใยขึ้นที่ผิวหน้าไม้ ทำให้มองเห็นเป็นสีดำ ๆ แต่ถ้าความชื้นในบรรยากาศน้อยหรืออากาศแห้ง ซึ่งทำให้ผิวหน้าไม้แห้ง เส้นใยของเชื้อราจะเจริญเข้าไปในเนื้อไม้เพียงอย่างเดียว จึงทำให้ดูลักษณะไม้ภายนอกไม่มีเชื้อราเข้าทำลาย เมื่อไม้เข้าสู่กระบวนการแปรรูปจึงจะเห็นเป็นสีของเชื้อราที่เข้าทำลายไม้ เชื้อราเหล่านี้ยังสามารถเข้าทำลายได้ในระยะที่แปรรูป และอยู่ในระหว่างรอพักเข้าอบเพื่อให้ความชื้นลดลง ถึงแม้จะจุ่มสารเคมีกันราแล้วก็ตาม เพราะยากันราสามารถป้องกันเชื้อราที่ตกลงบนผิวไม้เท่านั้น แต่ไม่สามารถป้องกันการเจริญเติบโตของเชื้อราที่อยู่ภายในได้
 
3. เชื้อราผิวไม้ ( Mold Fungi )
เชื้อราประเภทนี้จะเกิดบนผิวไม้เท่านั้น ไม่เจริญเติบโตเข้าไปในเนื้อไม้ ทำให้เห็นเป็นสีต่างๆ ซึ่งเกิดจากสปอร์และเส้นใยของเชื้อรา ทำให้เสียสีเฉพาะผิวนอก สามารถปัดหรือขัดออกได้ มักเกิดกับไม้ที่ไม่ได้ผึ่ง ไม้ที่ยังคงมีความชื้นอยู่ และไม้ที่อยู่ในสภาพแวดล้อมที่เปียกหรืออับชื้นได้ เชื้อราประเภทนี้หลายชนิดเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดโรคของระบบทางเดินหายใจ